Музей археологии и фортификации был основан и создан по инициативе, организационным усилиям академика Н.Н.Негматова - зачинателя, постоянного участника и руководителя почти полувековых стационарных исследований археологии, истории и культуры города Худжанда. Музей был открыт 29 ноября 1986 года, в дни празднования 2500 летия Худжанда. Руководство города выделило для музея отреставрированное двухэтажное здание у восточных стен Худжандской крепости, перед входом в городской парк культуры и отдыха им. Камола Худжанди. Основу фонда музея составили коллекции археологических находок Северо-Таджикистанской археологической комплексной экспедиции Института истории, археологии и этнографии им. А.Дониша АН РТ, полученные в ходе многолетних (1954-1986 гг.) раскопок на территории города Худжанда и его окрестностях.